По дороге поезд делает 13 остановок. Самые продолжительные – на таможнях. Поезд «Янтарь» проезжает такие города, как Вязьма, Смоленск, Орша, Минск, Молодечно, Вильнюс, Черняховск.
Первая продолжительная остановка по пути из Москвы – город Орша. Здесь состав стоит 24 минуты. В Минске поезд дважды останавливается на 15 минут: просто Минск и Минск-Пассажирский.
Первая из крупных остановок – белорусская таможня в Гудогае. Здесь поезд стоит 40 минут. Проверяют паспорта пассажиров.
Важно: остановка приходится на ранее утро, на 5 часов 12 минут. Время прибытия на все остановки указывается по Москве.
Следующая таможенная остановка, тоже на 40 минут, уже в Литве. Город Кяна, утро, 6 часов, 11 минут. Проверяют паспорта и визы.
В Вильнюсе остановка 17 минут.
Далее крупная остановка, на 40 минут – Кибартай, 9 часов, 56 минут, поезд покидает территорию Литвы. Проверяют паспорта и визы.
Следующая остановка – Чернышевское, это уже опять Россия, утро, 10 часов 42 минуты. Поезд снова останавливается на 40 минут. Проверяют паспорта пассажиров.